仮想マシンで一度作った環境を、使い回しをするのがいけないのかもしれないけど…
rubyでgem updateしたときに、dbmがうまくアップデートできなかった時の解決法を備忘録として残しておきます。
ubuntuのパッケージで、libgdbm-devが入っていてもエラーが出る場合、
sudo apt install libgdbm-compat-dev gdbmtool
libgdbm-compat-devとgdbmtoolを入れることによって解決できました。
両方同時に入れてしまったので、もしかしたらどちらか1つだけでもいけるかもしれません。