mysqlを使ったアプリケーションを書いていて、
MySQL client is not connected
というエラーが出てきたので、コネクションが切れたときにエラーを検知して再接続して手続きをretryしたものの今度は別のエラー、今回の本題の
Lost connection to MySQL server during query
がうまく解消できなくて、デバッグに時間がかかったので書き残しておきます。
結論から行くと、再接続後に、prepare文を再実行せず、以前のDBインスタンスに紐付いたままになっていたのがこのエラーの原因でした。
再接続する際にprepare文も再実行したらこのエラーは解消されました。