mysql(mysql Ver 14.14 Distrib 5.7.29, for Linux (x86_64) using EditLine wrapper)を使ったアプリケーションを書いていて、
MySQL client is not connected
というエラーが出てきたので、コネクションが切れたときにエラーを検知してDBに再接続して手続きをretryしたものの今度は別のエラー、今回の本題の
Lost connection to MySQL server during query
がうまく解消できなくて、デバッグに時間がかかったので書き残しておきます。
原因は再接続後にprepare文を再発行せず、以前のDBインスタンスに紐付いたままのprepare文を実行していたせいでした。
例外処理でDBに再接続する際にprepare文の再発行もしたらこのエラーは解消されました。